Sekolah SMP Muhammadiyah 1 Yogyakarta memiliki posisi yang sangat strategis, karena dekat dengan pusat kota Yogyakarta. Lebih tepatnya sekolah ini terletak di Purwodiningratan Ng.1/902.B, Kelurahan Ngampilan Kecamatan Ngampilan 1 Km dari pusat Kota Yogyakarta, arah barat ke Jalan KHA.Dahlan atau sebelah utara kantor PP Muhammadiyah lama. Selain itu, sekolah ini berada di sebelah barat RS PKU Muhammadiyah.[1]

Gedung sekolah SMP Muhammadiyah 1 Yogyakarta berada dalam kompleks perguruan Muhammadiyah Purwodiningratan, karena berada dalam satu kompleks dengan TK ABA Purwodiningratan (di sebelah barat SMU Muhammadiyah 5). Sekolah Dasar muhammadiyah Purwodiningratan I-II berada di sebelah barat. Sedangkan SMU 5 Muhammadiyah berada di sebelah utara SMP Muhammadiyah 1 Yogyakarta.

Gedung SMP Muhammadiyah 1 Yogyakarta berbentuk letter ’U’ dengan menempati areal tanah seluas 2315 m dengan luas bangunan 1328 m. Untuk sayap sebelah utara, ada tiga lantai dengan 18 ruang terdiri dari wartel dan koperasi ruang BP, ruang guru, Perpustakan, ruang dapur, kamar mandi ruang guru dan karyawan, laboratorium IPA, laboratorium komputer, 3 ruang kelas, dan Aula sekaligus musholla.

Di sebelah timur terdapat 2 lantai dengan 4 ruangan, yang terdiri dari 2 kelas di lantai 1, dan 2 kelas di lantai 2. Pada sayap sebelah selatan terdapat 2 lantai, terdiri dari 5 ruang kelas di lantai 2 dan 5 ruang kelas di lantai dasar. Sedangkan kantin berada di lantai bawah, sebelah baratnya tempat parker kendaraan roda dua khusus untuk guru dan karyawan. Pada tahun ajaran 2007/2008 ini, sudah bertambah satu lantai lagi sayap selatan, dan 2 ruang kelas, untuk meningkatkan kualitas pendidikan. Ruangan tersebut berjumlah 3 lokal, yakni ruang laboratorium bahasa, bimbingan konseling, dan komputer.