Tujuan pendidikan merupakan sesuatu yang mutlak harus dimiliki oleh setiap lembaga pendidikan guna menentukan arah proses pendidikan yang akan diselenggarakan. Visi dan Misi SMP Muhammadiyah 1 Yogyakarta tentunya harus seirama dan senada dengan Visi dan Misi Muhammadiyah, karena sekolah ini berada di bawah naungan Muhammadiyah secara umum dan pimpinan daerah Muhammadiyah kota Yogyakarta pada khususnya. Adapun visi dari sekolah ini adalah ”Terciptanya Suasana Islami, Unggul dalam Prestasi dan Berwawasan IPTEK”. Sedangkan misinya berbentuk beberapa poin sebagai berikut:

1.      Melaksanakan pembelajaran dan bimbingan secara intensif, sehingga setiap siswa dapat berkembang secara optimal sesuai dengan potensi yang dimilikinya.

2.      Mengembangkan potensi seluruh warga sekolah dalam kegiatan pembelajaran dan bimbingan untuk mencapai tingkat keunggulan.

3.      Meningkatkan disiplin dan menumbuhkembangkan pengalaman beragama serta budi pekerti secara optimal.

4.      Menerapkan penguasaan IPTEK dalam melibatkan seluruh warga sekolah.

5.      Membantu dan menolong siswa untuk mengenali setiap potensi siswa sehingga lebih dapat dikembangkan secara optimal.

6.      Meningkatkan dan mengintesifkan pembinaan olah raga dan prestasi, sehingga dapat dicapai secara optimal.